Istanbul Aquarium ligger i Florya, et kystnært nabolag på den europeiske siden av Istanbul, inne i Aqua Florya-komplekset ved Marmarahavet. Det ligger lenger vest enn Sultanahmet og Taksim, men er lett å komme seg til med Marmaray, pendelbuss eller bil.
Adresse: Senlikkoy Mahallesi, Yesilkoy Halkali Caddesi nr. 93, Bakirkoy, Istanbul, Tyrkia. Finn på kart.
Nærmeste landemerke: Aqua Florya kjøpesenter (i samme kompleks)